Wykazana przez podatnika w rozliczeniu podatkowym nadwyżka podatku, który został naliczony nad faktycznie należnym stanowi podstawę do ubiegania się o jego zwrot.
Okres oczekiwania na zwrot nadpłaty jest jednak bardzo różny – może wynosić 60 a nawet 180 dni w przypadku pojawienia się nieścisłości, które urząd skarbowy musi wyjaśnić. Najdłużej o wspomniane 180 dni na zwrot środków oczekiwać muszą podatnicy, którzy w wymaganym okresie nie dokonali czynności obarczonych zapłatą podatku VAT na terenie Polski.
Oprócz konsekwencji dłuższego oczekiwania obarczeni zostają także złożeniem dodatkowych dokumentów – deklaracji a także wniosku. Opisana sytuacja nie dotyka oczywiście wszystkich przedsiębiorców. Najczęściej są na nią narażeni nowi przedsiębiorcy inwestujący spore środki w rozwój swoich biznesów przez co zwroty należą im się pomimo braku sprzedaży. Przepisy mówią, że owszem, przedsiębiorca ma prawo ubiegać się o zwrot podatku szybciej – w 60 dni.
Nie zawsze jednak urząd skarbowy będzie miał ku temu fizyczne możliwości – koniecznością staje się bowiem zabezpieczenie majątku przedsiębiorstwa odpowiadające kwocie podatku o której zwrot się ubiega. Na przeszkodzie staje więc czas załatwienia sprawy w banku związanej z uzyskaniem gwarancji bankowej, poręczenia, weksla z poręczeniem bądź potwierdzonego czeku – stanowiących zabezpieczenie na majątku przedsiębiorstwa. Szybszy zwrot VAT - nawet do 25 jest jednak możliwy. Przysługuje on każdemu przedsiębiorcy, który dokonał co najmniej jednej czynności która podlega opodatkowaniu w określonych ustawowo terminach . Gdy przedsiębiorca kwalifikuje się na 25 dniowy termin wszystko, co musi zrobić to złożyć deklarację wraz z wnioskiem o zwrot VAT –u z terminem 25 dni jeżeli kwoty zapłaconego podatku mają pokrycie w opłaconych w całości fakturach lub też opłatach z tytułu ceł.