Fakturowanie to podstawowy i najważniejszy moduł programu. Umożliwia prowadzenie ewidencji faktur VAT, proforma, zaliczkowych i końcowych oraz dowodów wewnętrznych. Faktury wystawiane w Intaxo są zgodne z obowiązującymi przepisami tj. zawierają wszystkie wymagane ustawą dane. Oprócz tego dla każdej faktury można zmienić schemat księgowy i powód opodatkowania, przypisać handlowców (osoby które zdobyły i obsługują klienta), dopisać uwagi, informacje o wysyłce i wiele innych. Zawartość każdej faktury można sprawdzić na podglądzie (także w trybie pełnoekranowym) bez konieczności wydruku. Ponadto program posiada funkcję faktur zdefiniowanych oraz cyklicznych tzn. wystawiających się automatycznie w zdefiniowanym dniu/godzinie i wysyłających się
do klienta. Ta funkcjonalność w niektórych rodzajach działalności zdecydowanie ułatwia pracę.
Moduł ewidencji kosztów dostępny jest niezależnie od tego czy tylko wystawiamy faktury czy też używamy księgowości online. Dla klientów, którzy wykupili moduł fakturowania ewidencja kosztów jest opcjonalna tzn. nie muszą z niej korzystać aczkolwiek systematyczna ewidencja faktur sprzedaży może okazać się niedoceniona jeśli w pewnym momencie postanowimy zrezygnować ze współpracy z księgową na rzecz księgowości online. Program umożliwia wprowadzanie wszystkich kosztów prowadzonej działalności. Są to opłaty za media, zakup towarów i materiałów, koszty paliwa, pojazdu, leasingu oraz inne koszty niesklasyfikowane do wcześniej wymienionych. Podobnie jak w przypadku modułu sprzedaży, tutaj także jest możliwość tworzenia kosztów zdefiniowanych. Ponadto można przechowywać skany dokumentów kosztowych, ewidencjonować majątek firmy (pojazdy, środki trwałe), drukować zestawienia kosztów i wiele innych.
Moduł księgowości działa w oparciu o dane wprowadzone w wcześniej opisanych modułach. Na podstawie faktur sprzedażowych, kosztowych i ewidencji środków trwałych program generuje ewidencję KPiR, rejestr sprzedaży i zakupów, deklaracje VAT-7, VAT-7K, VAT-UE, oblicza zaliczki na podatek dochodowy i należne składki do ZUS. Wszystkie wyliczenia dokonywane są przez program i oprócz prawidłowego jednorazowego skonfigurowania systemu nie wymagają od użytkownika żadnych dodatkowych czynności.
Moduł analiz umożliwia przedstawianie danych z wprowadzonych faktur sprzedażowych i zakupowych w formie czytelnych wykresów i zestawień. Dostępne wykresy przedstawiają przychody i koszty, zysk/stratę, strukturę sprzedaży i strukturę zakupów (obydwie wg produktów i kontrahentów). Dla wszystkich w.w. wykresów dostępne są zestawienia w formie tabel, w których można wybrać interesujący nas okres, grupowanie wg miesięcy, kwartałów i lat oraz limit danych. Każde zestawienie posiada podsumowanie netto, brutto i VAT, co pozwala szybko ocenić stan finansowy prowadzonej firmy.
