Obecnie przepisy nie zezwalają na przeprowadzenie jej bez wcześniejszego poinformowania kontrolowanego podmiotu (poza sytuacją kiedy istnieje uzasadnione podejrzenie popełnienia przez pracodawcę przestępstwa przeciwko obrotowi finansowemu). Przedsiębiorca ma więc czas na sprawdzenie dokumentów i naniesienia ewentualnych poprawek.
Jednak nie tylko on ma obowiązki względem organu – również i organ musi przestrzegać procedur kontrolnych – przede wszystkim związanych ze sporządzeniem w dwóch egzemplarzach protokołu kontroli zawierającego m.in.:
- Dokładny opis czynności odnoszących się do przedmiotu kontroli,
- Dane osób przeprowadzających kontrolę tj. imiona i nazwiska,
- Datę oraz miejsce przeprowadzenia czynności kontrolnych,
- Informacje dotyczące przeprowadzonych w trakcie kontroli czynności oraz ustalenia końcowe,
- Ocenę sprawy pod względem prawnym,
- Klauzulę o przysługującym prawie odwołania się od decyzji organu kontrolującego i możliwości złożenia korekty deklaracji.
W odwołaniu warto zawrzeć nawet najmniej budzące wątpliwości gdyż w przypadku wszycia postępowania wyjaśniającego przez organ podatkowej protokół kontrolny jest podstawowym narzędziem dowodowym. Przepisy podatkowe w odniesieniu do pisma odwoławczego nie definiują jednak formy w jakiej ma zostać ono złożone.
Częstokroć wystarczy aby zawierało ono poniższe informacje:
- Dane identyfikujące podatnika,
- Wskazanie organu właściwego który kontrolę przeprowadził,
- Numer protokołu, który przez przedsiębiorcę został zakwestionowany,
- Opis zastrzeżeń do przeprowadzonej kontroli