Czynności kontrolne przeprowadzane przez urzędników skarbowych w firmie podatnika mogą zostać przeprowadzone zarówno wobec przedsiębiorców zarówno o krótkim stażu działalności jak też i tych, których firmy działają na rynku wiele lat.
W jakich przypadkach fiskus może skontrolować firmę i jakie dokumenty będą podlegać analizie z jego strony? Najczęstszą przyczyną przeprowadzenia kontroli u podatników jest ubieganie się przez nich o zwrot podatku VAT.
Zgodnie z obowiązującymi przepisami podatkowymi zwrot nadpłaty podatku od tworów i usług przysługiwać będzie tylko wówczas jeżeli przedsiębiorca chcący otrzymać zwrot posiada dokumenty rejestrowe (faktury zakupowe) potwierdzające, że dokonane przez niego zakupy opiewają na kwoty wyższe niż te widniejące na fakturach dokumentujących sprzedaż. Stąd też doniosłe znaczenia ma tutaj wysokość obrotów które– jeżeli kontrola wykaże niezgodność faktur czy rachunków ze stanem faktycznym odliczenie podatkowe takiemu podatnikowi nie będzie przysługiwało. Co więcej organ może wziąć także pod uwagę nie tylko obroty z kilku ostatnich miesięcy – kontroli podlegać może również dokumentacja z kilku ostatnich lat (w przypadku gdy w ostatnich miesiącach podatek VAT (lub też jego zwrot) jest na bardzo wysokim poziomie a w latach poprzednich taka sytuacja nie występowała).
Czynności kontrolne organu podatkowego nie są jednak prowadzone tylko i wyłącznie w podmiotach o długim stażu działalności. Równie często występują w firmach które po raz pierwszy starają się o zwrot – tutaj kontrola fiskusa prowadzona jest praktycznie w każdej takiej sytuacji. Jednak sam podatek to nie ostatnia podstawa do kontroli fiskusa w firmie. Skontrolowani mogą być także przedsiębiorcy którzy w zeznaniach podatkowych wykazują stratę podatkową przez dłuższy okres (w każdym przedsiębiorstwie zdarzają się okresy słabsze) o tyle już firmy które przez długi czas w zeznaniach wykazują jedynie straty z całą pewnością staną się przedmiotem zainteresowania organu podatkowego.
Co do samej procedury kontrolnej – organ podatkowy, aby przeprowadził czynności kontrolne zgodnie z prawem musi przedsiębiorcę o tym fakcie poinformować odpowiednio wcześniej – na tydzień przed terminem dostarczenia pisma (za wyjątkiem sytuacji w których istnieje prawdopodobieństwo popełnienia przez podatnika wykroczenia bądź przestępstwa skarbowego - tutaj kontrola może zostać przeprowadzona bez uprzedniego zawiadomienia).
Organ podatkowy dokonując czynności sprawdza zgodność zarówno samych dokumentów podatkowych z faktycznie przeprowadzonymi transakcjami (dokonanymi zgodnie z obowiązującymi stawkami), terminami ich rozliczenia (powstanie obowiązku podatkowego) jak też to, czy firma stosuje (w danym przypadku) urządzenia rejestrujące sprzedaż. Czynności kontrolne nie mogą jednak trwać dłużej niż określone ustawą a co za tym idzie w przypadku małych firm terminem w którym muszą się zakończyć jest okres 12 dni roboczych od ich rozpoczęcia.