Wystawianie faktur zaliczkowych to popularne działanie będące potwierdzeniem otrzymania od nabywcy zaliczki na poczet przyszłej dostawy usług lub towarów. Opłacenie faktury nie jest firmowym kosztem, zaś otrzymanie zaliczki nie jest przychodem. Jak zatem ewidencjonować faktury zaliczkowe w KPiR?
Co do zasady, fakturę zaliczkową powinno się wystawić w ciągu 7 dni od dnia otrzymania części należności. Zawiera ona właściwie takie same dane, jak każda inna faktura. Przedsiębiorcy muszą jednak wiedzieć, że obowiązek podatkowy dotyczący podatku dochodowego powstaje dopiero w momencie wystawienia faktury końcowej. Zgodnie z tym, otrzymanie od klienta zaliczki nie stanowi przychodu, więc nie jest opodatkowane podatkiem dochodowym. Także ze strony nabywcy zapłacona na podstawie faktury zaliczkowej zaliczka nie jest kosztem podatkowym, więc nie ujmuje się jej w KPiR.
Fakt otrzymania zaliczki skutkuje jednak powstaniem obowiązku podatkowego na gruncie podatku VAT. Przyjęcie zaliczki musi być więc udokumentowane fakturą. Obie strony transakcji – sprzedawca i nabywca – są więc zobligowani do ujęcia faktury zaliczkowej w rejestrze VAT, a dopiero faktury końcowej w księdze przychodów i rozchodów. Należy przy tym pamiętać, aby podatek VAT z faktury zaliczkowej nie został zaksięgowany jeszcze raz przy ewidencjonowaniu faktury końcowej.
Jeżeli pomimo wpłacenia zaliczki nie doszło do ostatecznej sprzedaży, gdyż klient z niej zrezygnował, należy wystawić fakturę korygującą – ponieważ przyjęcie zaliczki zostało zarejestrowane w ewidencji VAT, także jej wycofanie musi zostać w niej zaksięgowane.