Jedną z najważniejszych zmian w ustawie o VAT są zapisy dotyczące tzw. odwrotnego obciążenia, czyli sytuacji, w której podatek VAT płaci nabywca, a nie sprzedawca towaru lub usługi. W nowelizacji poszerzono katalog towarów objętych odwrotnym obciążeniem (załącznik nr 11), wymieniono usługi objęte odwrotnym obciążeniem (załącznik nr 14), a także określono prawo do odliczenia VAT przez podmioty dokonujące obrotu towarami i usługami objętymi mechanizmem odwrotnego obciążenia. I tak do towarów objętych odwrotnym obciążeniem dołączono m.in. nieobrobione plastyczne, w postaci półproduktu lub proszku srebro, złoto bądź platynę, elektroniczne układy scalone (procesory), biżuteria i jej części oraz pozostałe wyroby jubilerskie i ich części ze złota, srebra lub platerowane metalem szlachetnym. Jeśli chodzi o usługi objęte odwrotnym obciążeniem, to zaliczono do nich m.in. prace związane z budową nowych budynków, przebudową lub remontem istniejących budynków, z wykonywaniem instalacji gazowych, z zakładaniem ogrodzeń, a także roboty tynkarskie, malarskie, szklarskie czy betoniarskie.
Związana z powyższymi zapisami jest także zmiana w prawie do odliczenia podatku VAT przez podmioty dokonujące sprzedaży towarów i usług objętych procedurą odwrotnego obciążenia. Jest ono możliwe w okresie, w którym powstaje obowiązek podatkowy po stronie sprzedawcy, o ile podatnik uwzględni kwotę podatku należnego z tytułu tych transakcji w deklaracji, w której ma obowiązek rozliczyć ten podatek (nie później niż 3 miesiące od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów lub usług powstał obowiązek podatkowy).
Zmiany w nowelizacji dotyczą również możliwości kwartalnego rozliczania podatku VAT. Od 1 stycznia 2017 r. nie mogą z niego skorzystać:
- podatnicy zarejestrowani jako czynni podatnicy VAT przez 12 miesięcy, począwszy od miesiąca, w którym nastąpiła rejestracja
- podatnicy, którzy w danym kwartale lub w poprzedzających go czterech kwartałach dokonali dostawy towarów z załącznika nr 13 do ustawy (m.in. rury, benzyny, oleje napędowe, oprogramowanie systemów operacyjnych) – chyba, że łączna wartość tych dostaw bez kwoty podatku nie przekroczyła w żadnym miesiącu 50 tys. zł.