Podstawową kwestią odróżniającą fakturę VAT marża od zwyczajnej faktury VAT jest inny sposób rozliczania podatku VAT. W przypadku faktury VAT marża podstawą opodatkowania jest właśnie marża, czyli różnica między kosztem własnym a ceną zbycia towaru lub usługi. Należy przy tym pamiętać, że strona wystawiająca fakturę VAT marża nie może odliczać podatku VAT wynikającego z faktur zakupowych. Nieco kłopotliwa faktura VAT marża bywa natomiast dla nabywców, gdyż nie zawiera ona stawki i kwoty podatku, a z tego powodu nie mają oni możliwości odliczenia podatku VAT naliczonego (nie można księgować ich w ewidencji zakupów VAT). Z drugiej strony, nabywca może wliczyć w koszty całą kwotę nabycia, a nie jedynie kwotę netto, jak ma to miejsce w przypadku standardowych faktur VAT.
Kto ma prawo wystawiania faktury VAT marża? Zgodnie z ustawą o podatku VAT, przywilej taki dotyczy przedsiębiorstw zajmujących się:
- sprzedażą usług turystycznych
- dostawami antyków i dzieł sztuki
- dostawami towarów kolekcjonerskich
- dostawami towarów używanych
Dużym ułatwieniem – zwłaszcza dla początkujących przedsiębiorców, którzy sami prowadzą firmową księgowość – są programy do wystawiania faktur. Większość darmowych programów umożliwia jednak wystawianie tylko tradycyjnych faktur VAT. Dobrym rozwiązaniem w takich przypadkach jest program do fakturowania Intaxo, dzięki któremu stworzenie każdej faktury – VAT, VAT marża, pro forma, zaliczkowej czy w walutach obcych – zajmuje kilka chwil. Program automatycznie numeruje dokumenty, zapamiętuje raz wprowadzone dane kontrahentów, a także sam wylicza stawki i kwoty podatku. To znakomite rozwiązanie dla wszystkich przedsiębiorców ceniących oszczędność czasu oraz pieniędzy.